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来源与构建:该细胞系以 CHO-K1 为亲本,通过设计靶向 Dnmt3b 基因第 7 外显子的 sgRNA,经慢病毒介导的 CRISPR/Cas9 系统实现基因编辑,筛选获得 Dnmt3b 表达下调 70%-80% 的单克隆株(“Dnmt3b-7" 标识靶向位点与克隆编号)。构建过程中未引入外源抗性基因,通过 T7EI 酶切与测序验证,确保编辑效率>90%,且无脱靶效应(全基因组测序显示脱靶率<0.01%)。
形态与增殖:体外培养呈上皮样形态,贴壁生长时细胞铺展面积略大于野生型 CHO,排列较疏松;悬浮培养形成直径 25-50μm 的聚集体,均一度良好(变异系数<18%)。37℃、5% CO₂条件下,增殖周期约 32-38 小时,较野生型延长 4-6 小时,适应含 10% 胎牛血清的 DMEM/F12 培养基与无血清培养基,传代 80 次以上 Dnmt3b 表达量稳定(下调幅度波动<5%),冻存复苏后存活率超 85%。
功能特征:核心优势在于 DNA 甲基化谱的特异性改变:全基因组甲基化芯片显示,其基因组 CG 岛甲基化水平平均降低 28%,其中启动子区低甲基化基因占比达 15%(显著高于野生型的 3%),尤以细胞周期调控、代谢相关基因启动子低甲基化最为显著(如 CDKN2A 启动子甲基化水平下降 42%)。同时,Dnmt3b 下游靶基因(如 HOX 家族基因)表达量上调 2-5 倍(qPCR 验证),wan美模拟 Dnmt3b 功能缺失的表观遗传表型。
表观遗传调控机制研究
基因表达调控分析
表观遗传药物筛选
贴壁培养操作:
复苏:从液氮取出冻存管,37℃水浴 1-2 分钟解冻,转移至含 10mL 预热培养基(DMEM/F12+10% 胎牛血清)的离心管,1000rpm 离心 5 分钟,重悬后接种至 T75 培养瓶,37℃、5% CO₂培养箱静置培养(无需添加筛选抗生素)。
换液:接种 24 小时后首ci换液,去除未贴壁细胞,此后每 48 小时换液一次,维持细胞密度 1×10⁴-5×10⁴个 /cm²(密度过高可能导致甲基化谱漂移)。
传代:当细胞融合度达 70%-80% 时,弃培养基,PBS 清洗 2 次,加入 2mL 细胞解离液,37℃孵育 3-4 分钟(较野生型略长),镜检细胞脱落后加入 8mL 培养基终止解离,按 1:3 比例传代,避免过度密集影响甲基化稳定性。
甲基化检测样本制备:
基因组 DNA 提取:取 1×10⁷个细胞,用 Qiagen DNeasy 试剂盒提取 DNA,经 RNase A 处理确保纯度(OD260/280=1.8-2.0)。
甲基化分析:采用重亚硫酸盐测序(BSP)检测特定基因甲基化水平,或通过 Infinium 甲基化芯片进行全基因组扫描,数据分析需以野生型 CHO 为对照。
冻存流程:取对数生长期细胞,1000rpm 离心 5 分钟,用冻存液(70% wan全培养基 + 20% 胎牛血清 + 10% DMSO)重悬至 6×10⁶个 /mL,分装至冻存管,程序降温盒 - 80℃过夜,次日转移至液氮保存,保存期可达 5 年以上,复苏后需传代 2 次再进行甲基化相关实验(确保表观遗传状态稳定)。
优势:Dnmt3b 表达稳定下调,甲基化表型重复性高(批间差异<6%);无外源抗性基因干扰,适合长期表观遗传研究;全基因组甲基化谱特征明确,可作为甲基化异常模型的标准对照;对甲基化药物响应灵敏,筛选效率较野生型提升 40%。
局限性:部分基因甲基化改变可能非 Dnmt3b 直接调控(需结合 ChIP 验证);长期传代(>80 次)可能出现甲基化补偿性恢复(约 5%-8%);增殖速率较慢,大规模实验需提前规划培养周期。
以上信息仅供参考,详细信息请联系我们。
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